داستان از دو سال قبل آغاز می شود درست زمانی که اسنیک درحال تحقیق در مورد پروژه متال گیر بوده و برای به دست آوردن اطلاعات وارد کشتی روسی می شود . او باید چندین تصویر از این پروژه متال گیر گرفته و از طریق اینترنت برای اتوکان بفرستد . در حین انجام دادن این کار ناگهان چالاچاسکا که یکی از فرماندهان روسی بازی است وارد اتاق شده و با اسنیک درگیر می شود . چالاچاسکا سوار بر متال گیر با اسنیک مبارزه می کند و ناگهان اسنیک به اعماق آب کشیده می شود. همه گمان می کنند اسنیک مرده است به همین خاطر دو سال پس از این اتفاق , فردی با نام جک رایدن که یک غواص نیروی دریایی است , جای اسنیک را گرفته و به انجام ماموریت های مختلفی که از طرف مافوق خود دریافت می کند , می پردازد . در بازی ماموریت های مختلفی وجود دارد که باعث جذابیت هرچه بیشتر بازی شده است .